1997年4月《关于将阜阳市传染病医院明确为正县级事业单位的批复》(市编委字(97)第29号)文件核定医院领导职数一正三副(一名院长，三名副院长)，400张床位和260名人员编制。

2020年6月《关于同意阜阳市卫健委所属两个事业单位变更岗位设置方案的复函》(阜人社函(2020)85号)、《关于增加市直公立医院床位编制的批复》(发改社会(2015)217号)文件核定医院编制数为860人，编制床位1800张。

2020年3月19日阜阳市发展和改革委员会第89号文件批复，阜阳市第二人民医院异地新建传染病区项目调整为安徽省公共卫生临床中心(阜阳)，项目建设用地231亩，总投资20亿元，总建筑面积200000平方米。