2005年以前，阜阳市结核病防治工作由阜阳地区结核病防治所承担，阜阳地区结核病防治所是原阜阳地区结核病临床诊断和防控工作于一体的专业机构，成立于1977年，当时结核病防治所挂靠阜阳地区传染病院，负责全区的结核病防治工作，包括肺结核患者登记、随访管理、结核病督导检查以及卡介苗接种工作。

1979年参与并完成了第一次全国结核病流行病学调查原阜阳地区调查点的流行病学调查工作。

2000年阜阳地区结核病防治所组织并参与第四次全国结核病流行病学调查原阜阳地区调查点的流行病调查工作。

2006年日本援助项目在我市全面展开，该项目由日本政府出资，以促进被资助国家政府对结核病防治工作的经费投入，扩展DOTS策略，加强肺结核患者的发现和治愈。该项目的实施，使我市的结核病防治工作DOTS策略覆盖率达到了100%，对肺结核可疑者进行免费的痰检，对传染性肺结核病人提高免费的检查和抗结核病治疗。日本援助项目结束后，紧接着延续安徽省结核病控制项目，所有活动性肺结核病人均享受免费抗结核药品和相关检查，使我市肺结核和涂阳肺结核发现工作明显提高。

2014年始，根据国家结核病十二五规划要求，我市结核病门诊工作逐步由疾控中心向综合医院转移，结核病防治模式由原来的“查、治、管”一体化，逐步向“三位一体”新型结核病防治服务体系转变，疾控中心负责规划管理、疫情监测、技术指导、实验室质控、健康宣教和绩效评估，定点医院负责结核病和耐药结核病患者的诊治。基层医疗卫生机构负责患者追踪、随访管理。“三位一体”的工作模式要求三种不同的医疗卫生机构充分发挥各自在结核病防治工作中的优势，既要分工明确，又要合作密切，更好地发挥了各自的人员、设备优势，整合了资源，避免了因结防机构行医资格、人力资源、仪器设备、技术力量等方面的匮乏与不足而带来的隐患，在结核病的诊断和治疗、并发症与不良反应的处理上更加及时规范，进一步提高了病人的发现率，保证了病人的治疗效果。

我国是全球27个耐多药结核病高负担国家之一，阜阳市的结核病疫情形势也比较严峻，尤其是耐多药肺结核病人的严重性，对患者本人、家庭及社会都带来了相当大的影响及危害。2012年，在各级领导的支持与关注下，阜阳市启动了“全球基金耐多药结核病防治项目”，该项目从资金投入、管理理念、技术策略、人力资源建设以及药品设备投入方面有效推动了我市耐多药结核病防治工作进展，全市共计99例耐多药及广泛耐多药肺结核患者纳入项目治疗，其中50%左右的患者经过治疗后达到痊愈。省结核病防治所对我市耐多药结核病项目实施情况检查后给予高度评价，充分肯定了我市在耐多药肺结核治疗管理水平、医防合作渠道，医患关系沟通等方面的工作成效。项目的实施有效遏制了我市耐多药结核病疫情，造福当地人民。