阜阳市第二人民医院2010年9月被批准为安徽医科大学阜阳传染病临床学院。近年来，医院注重研究生教育工作，建立健全管理组织，并结合医院实际制定《阜阳市第二人民医院硕士研究生管理有关规定》，对研究生在院期间进行规范化管理。作为安徽医科大学研究生联合培养单位，阜阳市第二人民医院现有硕士导师5人（葛阳、陶立伟、韩明锋、艾继超和谭林），涉及呼吸内科、骨科、胸心外科和肝病科四个专业。近三年研究生教育情况请见下表：

2012-2014年硕士研究生招收情况一览表