阜阳市二院根据《关于加强临床重点（特色）专科建设的意见和管理办法的通知》精神，经过科室申报，专家评审，决定命名感染病科、结核病科、普外科、泌尿外科、心血管内科、干部病房内科、检验科和血液净化中心等八个科室为首批院级重点学科（已被阜阳市卫生局认定的市级重点学科和特色学科直接被定位于院级重点学科），肝胆外科、血管外科、妇产科、超声诊断室、放射科、急诊科、肿瘤科、内分泌消化科和危重症医学科（ICU室）等九个科室为首批院级特色学科。

院级重点学科为医院重点骨干科室，通过命名，并下达院级重点学科建设周期计划，以培育市级重点学科，更好地服务于全市广大人民群众的健康需求；院级特色学科主要是在某种或某类疾病诊疗上，具有优于全市其他医疗卫生机构的学科，为全市的一些专科疾病提供特色诊疗服务。

为促使以上学科完成周期建设计划，医院对入选的院级重点学科和特色学科建设予以政策倾斜，采取有效扶持措施，协助他们遴选、培养学术技术带头人，加强业务骨干队伍建设，创新人才引进、培养和管理机制，支持学科带头人在医院政策允许范围内，享有人员聘用和科研经费使用的自主权，给予添置必要的仪器设备、图书资料，并优化配置，资源共享，充分发挥其重点（特色）学科的示范带动和辐射作用。

据悉，医院还对院级重点学科和特色学科实行滚动式、开放式管理，跟踪督查。对在重点学科和特色学科建设中，做出突出贡献或获市级二等以上或省级科研成果奖的有功人员，医院给予配套奖励，并在职称晋升、工资升级等方面予以优先。对周期终了完不成相应学科建设计划的，医院将取消其重点学科或特色学科称号，并对科室负责人予以撤职等处罚。