阜阳市二院作为全市医疗、预防、教学与研究中心之一，近年来不断加大科技兴院力度，2007年有8项新项目、新技术填补了市内空白，14项处市内领先水平。

2007年阜阳市二院积极开展临床课题研究，主持完成省级课题一项，参与完成国家级课题一项，获批阜阳市级科研课题四项；全年共主办了《肺部感染诊断与治疗新进展培训班》等三个省级和《重症肝炎诊疗新进展培训班》等三个市级继续医学教育项目；呼吸内科圆满完成了周期学科建设计划，顺利通过了省卫生厅终期评估验收，成为省临床医学特色学科。同时，肝病科和肾脏病科被评为市级临床医学重点学科，骨科、普外科、胸外科被评为市特色学科；临床教学年初通过专家评审，成为安徽医科大学教学医院。

2007年全院共开展新项目、新技术22项，其中经胃镜血管套扎和硬化剂注射技术治疗肝硬化食管胃底静脉曲张破裂出血、腹膜透析技术、气压弹道碎石技术、不典型哮喘的肺功能诊断技术、人工血管置换技术、经皮穿刺肺组织活检术、经皮肝组织穿刺活检术、前列腺增生症气化电切技术等8项新项目填补了市内空白，其它14项新技术处市内领先水平。